ClassLoader выгружается только вместе со всеми определёнными им классами. Если живой поток, ThreadLocal, executor, JDBC driver registry или кэш в родительском загрузчике хранит объект старого приложения, цепочка ссылок не разрывается и metaspace продолжает расти после redeploy.
Искать проблему стоит от старого ClassLoader в heap dump к GC roots. Исправление обычно симметрично lifecycle: остановить фоновые потоки, очистить ThreadLocal, закрыть ресурсы и снять регистрации при остановке приложения.
Подробнее: ClassLoader на практике: Tomcat, Spring Boot, плагины и утечки памяти.